Eine erste Kapelle im Zollikerberg wird 1270 erwähnt. Sie wurde 1860 abgebrochen, war aber schon seit der Reformation nicht mehr genutzt. Für gut 200 Jahre war der Berg ohne eigene Kirche, die Kirchgänger mussten den langen Weg ins Dorf in Kauf nehmen. Als 1731 in Zumikon eine Kirche gebaut wurde, zogen es viele Bergler vor, dort den Gottesdienst zu besuchen. Dies war bis 1860 möglich, dann bezahlte Zumikon die Kirchenstuhlrechte aus. Dadurch verschwand diese Beziehung und die Bergler mussten wieder ins Dorf.

Nach 1933 erhielten die Reformierten des Zollikerbergs in der Kirche des Diakoniewerks Neumünster Gastrecht. Im Dezember 1954 schrieb die Kirchenpflege einen Architekturwettbewerb aus, aus dem die Zürcher Annemarie und Hans Hubacher als Sieger hervorgingen. Die Bauarbeiten begannen im April 1959 und am dritten Advent 1960 wurde die neue reformierte Kirche mit dem markanten pyramidenförmigen Turm im Zollikerberg eingeweiht.