Als Folge des Toleranzedikt des Zürcher Regierungsrats vom 10. September 1807 zogen erste Katholiken nach Zollikerberg, vorher war seit der Reformation der katholische Gottesdienst verboten. 1898 gehörten die Katholiken des Zollikerbergs noch zur Liebfrauenkirche Zürich, zwischen 1902 und 1927 zur Pfarrei Küsnacht und ab 1926 zur Pfarrei St. Anton Zürich-Hottingen. Die Gottesdienste wurden im damaligen Hotel Bellevue in Zollikon und im reformierten Kirchgemeindehaus Dorf gefeiert.

Per 1. Januar 1932 wurde der Zollikerberg mit Zollikon-Dorf und Zumikon zu einer eigenen Pfarrei erhoben.  Als in den 1920er- und 1930er-Jahren nach dem Bau der Forchbahn nach Zürich eine starke bauliche Entwicklung einsetzte, zogen vermehrt Katholiken in den Zollikerberg. Im Rebwiesquartier wurde deshalb 1944 an der Schwendenhausstrasse 11 eine erste Notkapelle eingerichtet. Nach dem Zweiten Weltkrieg kam es in Zollikerberg zu einem Bauboom und 1952 wurde das Bauland für die heutige Kirche gekauft. Der Preis von 10 Franken pro m² wurde als sehr hoch bezeichnet …

Im Oktober 1962 entschied sich eine Jury für das Projekt "Licht" des bekannten Kirchenarchitekten Karl Higi. Am 20. September 1964 weihte Generalvikar Alfred Teobaldi den Grundstein und Ende April 1966 war der Bau beendet. Am 10. Juli 1966 fand der erste Gottesdienst statt, der erste Pfarrer war Hans Hitz. Die Kirche ist dem Erzengel Michael geweiht. 1974 wurde St. Michael zur eigenständigen Pfarrei, verblieb aber bis heute bei der Kirchgemeinde Zollikon-Zumikon.